Ülkemizde sertifikasyon faaliyetleri ilk olarak Ankara Üniversite Ziraat Fakültesi bünyesinde başlatılmıştır. Aynı amaca yönelik olarak 1959 yılında Tarım Bakanlığına bağlı “Tohumluk Kontrol ve Sertifikasyon Enstitüsü” kurulmuştur.

            Ülkemizde yürütülen araştırma ve çeşit geliştirme faaliyetleri sonucunda ıslah edilen yeni çeşitlerin tarafsız bir kuruluş tarafından tescil edilmesi gereğince 1960 yılında “Bölge Çeşit Deneme Müdürlüğü/Enstitüsü” kurulmuştur. 1963 yılında 308 Sayılı “Tohumlukların Tescil, Kontrol ve Sertifikasyonu Hakkında Kanun”  çıkarılmış ve Kuruluşun faaliyetleri bu Kanun ile ilgili Yönetmelikler çerçevesinde yürütülmüştür. Aynı yıl ülkemiz Uluslararası Tohum Test Birliğine (ISTA) üye olmuştur. Ülkemiz 1968 yılından itibaren sırasıyla şeker pancarı, hububat, mısır, ayçiçeği, soya, pamuk, çayır mer’a ve yem bitkilerinde, en son ise sebzede Ekonomik Kalkınma ve İşbirliği Teşkilatı (OECD) Tohumluk Sertifikasyon Sistemine dahil olmuştur. 1986 yılında 3161 Sayılı Kanun ile Bölge Çeşit Deneme Enstitüsü ile birleşen kuruluş, 1987 yılında Tohumluk Tescil ve Sertifikasyon Merkezi Müdürlüğü (TTSM) adını almıştır.

            Ülkemiz 1989 yılında bazı bitki türlerinde Avrupa Birliği ile Eşdeğerlilik hakkına sahip olmuştur. 12.12.2000 Tarihinde Kuruluş TS-ISO-9002 Belgesini almıştır.  2001 yılında  ISO/IEC  17025 ve ISO Guide 25 standartları çerçevesinde  ISTA tarafından yeniden akreditasyonu onaylanmıştır (29 Ocak 2001).

            ISTA ve OECD üyesi olan TTSM, 22-25 Ekim tarihlerinde Uluslararası Yeni Bitki Çeşitlerini Koruma Birliğinin (UPOV) Genel Kurulunda yapılan görüşmeler sonucunda 18 Kasım 2007 tarihi itibariyle  UPOV’a üye olmuştur.